Tuyển cử năm 2002

Trong kỳ tổng tuyển cử vào tháng 10 năm 2002, Đảng Nhân dân Pakistan (PPP) do Bhutto lãnh đạo giành được số phiếu cao nhất (28, 42%) và chiếm 80 ghế (23,16%) trong quốc hội. Liên minh Hồi giáo Pakistan của Nawaz chỉ được 18 ghế. Một số nghị sĩ thuộc PPP tách ra lập đảng PPP-Patriot và gia nhập chính phủ liên hiệp của Musharaf.

Thập niên 2000

Năm 2002, Tổng thống Pakistan Pervez Musharraf tu chính hiến pháp giới hạn chức vụ thủ tướng trong hai nhiệm kỳ. Điều khoản này ngăn chặn khả năng Bhutto trở lại cầm quyền. Nhiều người xem đây là động thái trực tiếp nhắm vào hai cựu thủ tướng Benazir Bhutto và Nawaz Sharif.

Từ tháng 9 năm 2004, Bhutto đến sống tại Dubai, Các Tiểu Vương quốc Ả rập. Ở đây bà lo chăm sóc các con và mẹ đang mắc bệnh Alzheimer; bà cũng đi diễn thuyết và vẫn giữ liên lạc với những người ủng hộ bà thuộc đảng PPP. Bhutto có ba con và đã đoàn tụ với chồng vào tháng 12 năm 2004 khi chồng bà được trả tự do sau 5 năm bị cầm tù.

Ngày 27 tháng 1 năm 2007, bà được mời đến nói chuyện trước một cử tọa đoàn gồm có Tổng thống Bush, các nghị sĩ quốc hội và các viên chức bộ ngoại giao.

Tháng 3 năm 2007, Bhutto xuất hiện trong chương trình Question Time của đài truyền hình BBC tại Anh. Bà cũng có mặt trong chương trình Newsnight của BBC. Tháng 5 năm 2007, Bhutto phản bác nhận xét của Muhamad Ijaz-ul-Haq về việc phong tước hiệp sĩ cho Salman Rushdie, cho rằng ul-Haq đang kêu gọi ám sát các công dân nước ngoài.

Bhutto tuyên bố ý định trở về Pakistan trong năm 2007, bất kể thông báo của Musharraf đưa ra trong tháng 5 năm 2007 không cho phép bà trở về trước kỳ tổng tuyển cử sẽ tổ chức vào cuối năm 2007, hoặc đầu năm 2008. Có những lời đồn đoán bà sẽ trở lại nắm quyền thủ tướng.

Đến giữa năm 2007, có những dấu hiệu cho thấy Hoa Kỳ đang thúc đẩy một thỏa hiệp, theo đó Musharraf sẽ duy trì chức vụ tổng thống sau khi rút khỏi vị trí tổng tư lệnh quân lực, và Bhutto, hoặc một nhân vật được bà ủng hộ, sẽ đảm trách chức vụ thủ tướng.

Ngày 5 tháng 10 năm 2007, Musharraf ký Sắc lệnh Hòa giải Quốc gia ân xá Bhutto và các nhà lãnh đạo chính trị khác – ngoại trừ cựu thủ tướng Nawaz Sharif đang sống lưu vong – khỏi mọi cáo buộc chống lại họ, kể cả tội danh tham nhũng. Sắc lệnh được ban hành một ngày trước khi có cuộc bầu cử chức vụ tổng thống. Đáp lại, Bhutto và đảng PPP của bà đồng ý không tẩy chay cuộc bầu cử tổng thống.

Ngày 6 tháng 10 năm 2007, Pervez Musharraf thắng cuộc bầu cử tổng thống tại quốc hội. Tuy nhiên, Tòa án Tối cao ra phán quyết sẽ không có tuyên bố kết quả chính thức cho đến khi tòa ra quyết định về việc Musharraf ra tranh cử tổng thống khi đang là tướng lĩnh quân đội có hợp pháp hay không. Đảng PPP của Bhutto đã không gia nhập các đảng đối lập tẩy chay cuộc bầu cử.